故事设定在前作时代的300年后，讲述一个代号为幽灵的邪恶女巫，因为祖先被47浪人所杀，决心复仇的她妄图毁灭所有武士，47浪人的后裔会让她如愿以偿吗？。科幻电影《超能水怪》以女主人公寻找父亲失踪之迷为故事线索，以高维空间里的变异生物在地球上危害地球生物作为切入点，讲述男女主人公为了守护一方安宁，与水怪以及贪婪的境外邪恶势力斗智斗勇的过程，从而激发起观众对如何保护自身生存环境、如何正确对待科学研究的深刻反省与深度思考。。