在《Fairy gone》世界中，有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。而在故事中，距离战争9年后那不稳定的政局，因战争受到伤害展开复仇的恐怖份子因此出现。过去故乡被战争毁灭的主角“玛莉亚诺耶尔”，为了阻止同样在那时候活下来却选择成为复仇者的“维洛妮卡伊”，因此加入了取缔违法妖精机构“Dorothea”...。