为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎“海螺引擎“，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。并且派遣未性别化的“巫女”担任驾驶员，于是，她们成为了被称为Simoun小队的战斗小队成员，展开了一场激烈的战斗。。第六季把观众带回美丽的约克郡山谷，讲述更多人与动物的暖心故事。但这一次，时间来到1945年，欧洲的战争即将结束，主角们处于一种不同的境地。。